Структура повторов в геномах сальмонелл | Sciact - Система учета научной деятельности ИМ СО РАН

Структура повторов в геномах сальмонелл Научная публикация

Журнал

Математическая биология и биоинформатика (Mathematical Biology and Bioinformatics)
ISSN: 1994-6538

Вых. Данные

Год: 2023, Том: 18, Номер: 2, Страницы: 602-620 Страниц : 19 DOI: 10.17537/2023.18.602

Ключевые слова

бактериальный геном, сальмонелла, сложностные разложения, повторы, локальные структурные закономерности, тандемные повторы

Авторы

Мирошниченко Л.А. ¹ , Арефьева Н.А. ^2,3 , Джиоев Ю.П. ² , Гусев В.Д. ¹ , Борисенко А.Ю. ² , Эрдынеев С.В. ² , Букин Ю.С. ^4,5

Организации

1	Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН
2	Иркутский государственный медицинский университет
3	Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека
4	Лимнологический институт СО РАН
5	Иркутский государственный университет

Информация о финансировании (1)

Российский научный фонд

23-25-00520

Сальмонеллы (Salmonella) – род грамотрицательных, факультативных и неспороносных анаэробных бактерий. Род включает два вида: S. bongori и S. enterica. Все патогенные в отношении человека и животных сальмонеллы относятся к виду S. enterica spp. Он включает в свой состав семь подвидов куда входят более 2500 серотипов. По глобальной статистике они ежегодно вызывают около 2.8 миллиарда случаев диарейных заболеваний, а смертность достигает более 300000 случаев. Особо опасными стали штаммы S. enterica spp, приобретшие множественную лекарственную устойчивость к антибиотикам. На фоне этой глобальной проблемы актуальность приобретает детальное исследование полных геномов различных представителей рода Salmonella. Важную роль в регуляции основных генетических процессов в ходе жизненного цикла и эволюции играют повторы. В работе рассматриваются разнообразные проявления повторности в геномах S. enterica. Учет общих фрагментов разных геномов служит основой для формирования матрицы попарной относительной сложности, использующейся при построении филогенетического дерева. Длинные повторы внутри отдельных геномов, как правило, соответствуют крупным индивидуальным дупликациям. Основное внимание уделено локальным структурным закономерностям, большая часть которых представлена тандемными повторами. Значительный интерес представляют многозначные повторы, такие как тандемные повторы, образующие палиндромы, повторы с регулярными заменами или сложной структурой мономера.

Мирошниченко Л.А. , Арефьева Н.А. , Джиоев Ю.П. , Гусев В.Д. , Борисенко А.Ю. , Эрдынеев С.В. , Букин Ю.С.
Структура повторов в геномах сальмонелл
Математическая биология и биоинформатика (Mathematical Biology and Bioinformatics). 2023. Т.18. №2. С.602-620. DOI: 10.17537/2023.18.602 Scopus РИНЦ OpenAlex

Поступила в редакцию:	13 дек. 2023 г.
Опубликована в печати:	30 дек. 2023 г.
Опубликована online:	30 дек. 2023 г.

Scopus:	2-s2.0-85185178601
РИНЦ:	59693405
OpenAlex:	W4390778105

БД	Цитирований
OpenAlex	2
РИНЦ	2
Scopus	1