Реферат: Salmonella enterica – грамотрицательная, факультативно-анаэробная бактерия, являющаяся возбудителем кишечных инфекций у человека и животных. Вид S. enterica включает более 2600 сероваров, среди которых Typhimurium, Enteritidis и Infantis широко распространены на территории Российской Федерации и часто демонстрируют множественную лекарственную устойчивость к антибиотикам. Одним из перспективных подходов к борьбе с такими патогенами является таргетная терапия с использованием литических фагов. Однако механизмы взаимодействия фагов и бактерий на геномном уровне остаются недостаточно изученными. Как и у большинства бактерий в геномах сальмонелл обнаруживаются профаги. Исследование профаговой нагрузки в геномах S. enterica может быть важно для разработки таргетной фаготерапии против данного патогена. В данной работе проведён биоинформатический анализ профаговой нагрузки в геномах трёх сероваров S. enterica подвид enterica: Enteritidis (n=50), Infantis (n=50) и Typhimurium (n=50) с использованием алгоритма DBSCAN-SWA. Выявлено 805 профаговых последовательностей, включая 274 у Enteritidis, 212 у Infantis и 319 у Typhimurium. Все последовательности классифицированы как принадлежащие родам Salmonella, Escherichia, Enterobacter, Cronobacter, Shigella, Klebsiella и Moraxella. Дополнительно в геномах всех исследованных штаммов были обнаружены casгены, относящиеся к CRISPR-Cas системе класса 1, подтипу I-E. Эти штаммы были разделены на две группы: первую группу составили 23 штамма, содержащие мутации в cas-генах, вторую – 127 штаммов без мутаций. Установлено, что геномы серовара Typhimurium содержат больше профагов по сравнению с другими сероварами. Анализ также показал, что штаммы с мутациями в cas-генах характеризуются повышенной профаговой нагрузкой, что подчёркивает роль CRISPR-Cas систем в регуляции профаговой динамики и адаптации бактериальных популяций. Полученные результаты могут быть использованы для разработки более эффективных подходов к фаготерапии.

Библиографическая ссылка: Erdyneev S.V. , Arefieva N.A. , Dzhioev Y.P. , Miroshnichenko L.A.
Анализ профаговой нагрузки и cas-генов в геномах Salmonella enterica сероваров Enteritidis, Typhimurium и Infantis
Математическая биология и биоинформатика (Mathematical Biology and Bioinformatics). 2024. Т.19. №2. С.565-578. DOI: 10.17537/2024.19.565 Scopus РИНЦ OpenAlex

Даты:

Поступила в редакцию:	6 нояб. 2024 г.
Опубликована в печати:	29 дек. 2024 г.
Опубликована online:	29 дек. 2024 г.

Идентификаторы БД:

Scopus:	2-s2.0-85215850129
РИНЦ:	80150252
OpenAlex:	W4405914498

Цитирование в БД: Пока нет цитирований

Альметрики: