Исследование потенциальных событий рекомбинации в белок-кодирующей области crispr-cas локусов в геномах разных серовариантов Salmonella enterica методами in silico Full article
| Journal |
Acta biomedica scientifica
ISSN: 2541-9420 , E-ISSN: 2587-9596 |
||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Output data | Year: 2025, Volume: 10, Number: 1, Pages: 59-68 Pages count : 10 DOI: 10.29413/abs.2025-10.1.6 | ||||||||||
| Tags | гомологичная рекомбинация, CRISPR-Cas, Salmonella enterica, методы in silico | ||||||||||
| Authors |
|
||||||||||
| Affiliations |
|
Funding (1)
| 1 | Russian Science Foundation | 23-25-00520 |
Abstract:
Обоснование. Исследование процессов гомологичной рекомбинации в области cas-генов у Salmonella enterica позволит выяснить фундаментальные механизмы эволюции CRISPR-Cas систем, что важно для изучения возникновения у данного патогена резистентности к фагам. Цель работы. Исследование процессов рекомбинации в белок-кодирующей части CRISPR-Cas локусов в геномах сероваров Salmonella Enteritidis, Infantis и Typhimurium, используя методы in silico.Материалы и методы. Геномные последовательности серовариантов Salmonella Enteritidis, Infantis и Typhimurium были скачаны из базы данных NCBI GenBank. Кодирующие последовательности cas-генов были извлечены из геномов и выровнены с учётом позиции кодона. В полученном выравнивании был выполнен поиск событий рекомбинации. Проведена верификация событий рекомбинации. Результаты. Найдено 7683 потенциальных события рекомбинации в области cas-локуса в геноме S. enterica. Среди них верифицировано 810 (10,54 %) событий; 45 (0,59 %) событий были идентифицированы как результаты конвергентной эволюции. События рекомбинации детектируются чаще между штаммами, принадлежащими разным серовариантам, чем между штаммами, принадлежащими одному сероварианту. Все сероварианты могут рекомбинировать друг с другом, однако чаще всего рекомбинация происходит между штаммами Enteritidis и Infantis и между Typhimurium и Infantis. Не было найдено ни одного события рекомбинации между штаммами сероварианта Enteritidis. События конвергентной адаптивной эволюции в основном локализованы в генах эффекторного модуля: cas5, cas6, cas7.Заключение. Показано, что гомологичная рекомбинация часто происходит в геноме S. enterica в области cas-генов. Биоинформатические алгоритмы находят больше событий рекомбинации между эволюционно более отдалёнными штаммами, что не согласуется с известными исследованиями, проведёнными in vitro.
Cite:
Arefieva N.A.
, Bukin Y.S.
, Erdyneev S.V.
, Dzhioev Y.P.
, Miroshnichenko L.A.
Исследование потенциальных событий рекомбинации в белок-кодирующей области crispr-cas локусов в геномах разных серовариантов Salmonella enterica методами in silico
Acta biomedica scientifica. 2025. Т.10. №1. С.59-68. DOI: 10.29413/abs.2025-10.1.6 Scopus РИНЦ OpenAlex
Исследование потенциальных событий рекомбинации в белок-кодирующей области crispr-cas локусов в геномах разных серовариантов Salmonella enterica методами in silico
Acta biomedica scientifica. 2025. Т.10. №1. С.59-68. DOI: 10.29413/abs.2025-10.1.6 Scopus РИНЦ OpenAlex
Dates:
| Submitted: | Apr 7, 2024 |
| Accepted: | Dec 27, 2024 |
| Published print: | Mar 13, 2025 |
| Published online: | Mar 13, 2025 |
Identifiers:
| Scopus: | 2-s2.0-105001253102 |
| Elibrary: | 80485569 |
| OpenAlex: | W4408769833 |
Citing:
Пока нет цитирований