Исследование потенциальных событий рекомбинации в белок-кодирующей области crispr-cas локусов в геномах разных серовариантов Salmonella enterica методами in silico | Sciact - Система учета научной деятельности ИМ СО РАН

Исследование потенциальных событий рекомбинации в белок-кодирующей области crispr-cas локусов в геномах разных серовариантов Salmonella enterica методами in silico Научная публикация

Журнал

Acta biomedica scientifica
ISSN: 2541-9420 , E-ISSN: 2587-9596

Вых. Данные

Год: 2025, Том: 10, Номер: 1, Страницы: 59-68 Страниц : 10 DOI: 10.29413/abs.2025-10.1.6

Ключевые слова

гомологичная рекомбинация, CRISPR-Cas, Salmonella enterica, методы in silico

Авторы

Arefieva N.A. ^1,2,3 , Bukin Yu.S. ⁴ , Erdyneev S.V. ² , Dzhioev Yu.P. ² , Miroshnichenko L.A. ⁵

Организации

1	ФГБНУ «Научный центр проблем здоровья семьи и репродукции человека»
2	ФГБОУ ВО «Иркутский государственный медицинский университет» Минздрава России
3	ФГБОУ ВО «Иркутский государственный университет»
4	ФГБУН Лимнологический институт СО РАН
5	ФГБУН Институт математики им. С.Л. Соболева СО РАН

Информация о финансировании (1)

Российский научный фонд

23-25-00520

Обоснование. Исследование процессов гомологичной рекомбинации в области cas-генов у Salmonella enterica позволит выяснить фундаментальные механизмы эволюции CRISPR-Cas систем, что важно для изучения возникновения у данного патогена резистентности к фагам. Цель работы. Исследование процессов рекомбинации в белок-кодирующей части CRISPR-Cas локусов в геномах сероваров Salmonella Enteritidis, Infantis и Typhimurium, используя методы in silico.Материалы и методы. Геномные последовательности серовариантов Salmonella Enteritidis, Infantis и Typhimurium были скачаны из базы данных NCBI GenBank. Кодирующие последовательности cas-генов были извлечены из геномов и выровнены с учётом позиции кодона. В полученном выравнивании был выполнен поиск событий рекомбинации. Проведена верификация событий рекомбинации. Результаты. Найдено 7683 потенциальных события рекомбинации в области cas-локуса в геноме S. enterica. Среди них верифицировано 810 (10,54 %) событий; 45 (0,59 %) событий были идентифицированы как результаты конвергентной эволюции. События рекомбинации детектируются чаще между штаммами, принадлежащими разным серовариантам, чем между штаммами, принадлежащими одному сероварианту. Все сероварианты могут рекомбинировать друг с другом, однако чаще всего рекомбинация происходит между штаммами Enteritidis и Infantis и между Typhimurium и Infantis. Не было найдено ни одного события рекомбинации между штаммами сероварианта Enteritidis. События конвергентной адаптивной эволюции в основном локализованы в генах эффекторного модуля: cas5, cas6, cas7.Заключение. Показано, что гомологичная рекомбинация часто происходит в геноме S. enterica в области cas-генов. Биоинформатические алгоритмы находят больше событий рекомбинации между эволюционно более отдалёнными штаммами, что не согласуется с известными исследованиями, проведёнными in vitro.

Arefieva N.A. , Bukin Y.S. , Erdyneev S.V. , Dzhioev Y.P. , Miroshnichenko L.A.
Исследование потенциальных событий рекомбинации в белок-кодирующей области crispr-cas локусов в геномах разных серовариантов Salmonella enterica методами in silico
Acta biomedica scientifica. 2025. Т.10. №1. С.59-68. DOI: 10.29413/abs.2025-10.1.6 Scopus РИНЦ OpenAlex

Поступила в редакцию:	7 апр. 2024 г.
Принята к публикации:	27 дек. 2024 г.
Опубликована в печати:	13 мар. 2025 г.
Опубликована online:	13 мар. 2025 г.

Scopus:	2-s2.0-105001253102
РИНЦ:	80485569
OpenAlex:	W4408769833

Пока нет цитирований